(2000-1785 a.C.)

Nel 2040 a.C. un potente signore di Tebe, Amenemhet, assunse il titolo di faraone e unificò nuovamente il paese, spostando la capitale a Tebe e dando preminenza al culto del dio Ammone.
Egli pretese il giuramento di fedeltà da parte di tutti i governatori, il cui comportamento fu sottoposto a un severo controllo, e ristrutturò la burocrazia regia, dando vita una nuova classe composta da scribi e amministratori.
Il potere dei faraoni da allora in poi non fu più assoluto: i nobili e la maggioranza dei cittadini ebbero un peso maggiore nella società.
Questo cambiamento sociale generò un cambiamento radicale nella concezione della vita dopo la morte.
Il faraone non era più il solo privilegiato ma tutti potevano anelare ad una nuova vita ultraterrena.
Conseguenza di ciò fu l'estesione del rito della mummificazione anche alle fasce socialmente più basse.
In questo periodo le tombe dei faraoni e della gente nobile non furono costruite a forma di piramide, ma scavate nelle rocce in una valle  chiamata la Valle dei Re e dipinte con scene tratte dalla vita reale del defunto.
I successori di Amenemhet ne proseguirono i programmi: il figlio, Sesostri I, continuò la politica espansionistica in Nubia, dove costruì delle fortezze.
Sesostri II diede stabilità alla conquista della Nubia, mentre il suo successore Sesostri III istituì un esercito permanente e suddivise il regno in tre unità geografiche, ognuna controllata da un ufficiale sottoposto direttamente alla supervisione del suo primo ministro.
I sovrani della XIII dinastia furono più deboli dei loro predecessori e negli ultimi anni dovettero competere con i sovrani rivali della XIV dinastia e contrastare le invasioni degli Hyksos, ai quali ben presto dovettero cedere il regno che conservarono fino alla XVI dinastia.
Poi un re tebano della XVII dinastia, Amosi I, riunificò il paese sconfiggendo gli hyksos e distruggendo la loro capitale.